Потомки Ивана Алексеевича Мусина-Пушкина наотрез отказались дать разрешение на сломку их церкви-придела с гробами предков. Дело встало. Мусины-Пушкины стали доказывать, что новый храм можно построить, не разрушая особо устроенный придел. Однако жертвователь на храм А. П. Бестужев-Рюмин и приглашенный им известный архитектор К. Бланк настаивали на строительстве нового здания непременно на месте старого.
Теперь все зависело от окончательной позиции Московской духовной консистории и конторы Св. Синода. Церковные власти и архиепископ Московский, обсудив ситуацию, постановили в 1763 году сломать старый Борисоглебский храм, а Бестужеву-Рюмину при новой церкви построить придел во имя Воскресения Христова, куда и перенести гробы Мусиных-Пушкиных. Однако и это компромиссное решение, видимо, не устроило потомков древнего графского рода, не хотевших терять домовый храм и тревожить покой своих предков. В сентябре 1763 года служитель Мусиных-Пушкиных даже не допустил пришедших из консистории в свою придельную церковь. Лишь приехавшая в октябре 1763 года из Петербурга графиня Алевтина Платоновна Мусина-Пушкина скрипя сердце дала разрешение на разборку семейной святыни. Таким образом, исчезло последнее препятствие, и к середине следующего 1764 года церковь Св. Бориса и Глеба с приделами была разобрана. Тогда же А. П. Мусина-Пушкина перенесла гробницы своих родителей и предков в Кремлевский Чудов монастырь, где также были древние захоронения рода.
Борисоглебскую церковь строили долго - пять лет. В новом храме также устроили два придела - Казанский и Воскресенский. Последний как бы напоминал о домовом храме Мусиных-Пушкиных и перипетиях, связанных со сносом старинного памятника. Новую, изящную, с огромным куполом церковь освятили 6 декабря 1768 года. В нее перенесли многие древние святыни старого храма, а в алтарь поместили и портрет храмоздателя графа Бестужева-Рюмина.
Опустошительный московский пожар 1812 года пощадил новый храм. Пострадавшие же от пожара церкви Филиппо-Апостольскую, Тихонов-скую, Иоанно-Милостивскую, Космодамиановскую и Ризположенскую приписали к Борисоглебскому храму. Некоторые из этих церквей вскоре разобрали за ветхостью, а материал от их разборки употребили на сооружение третьего и четвертого (Ризположенского и Марии Магдалины) приделов Борисоглебского храма. Многие иконы и утварь из упраздненных церквей перенесли в храм Бориса и Глеба.
В нем хранились многие почитаемые богомольцами святыни: большая древняя икона Св. Бориса и Глеба с житием (XVI век), икона Св. Иоанна Милостивого (XVI век) из одноименной церкви, снесенной в 1817 году, образ Св. Нила Столобенского с частью мощей и др.
Храм подновляли в XIX веке. Придельные его иконостасы были сооружены из позолоченной бронзы.
Наступивший XX век обернулся трагедией для храма, неразрывно связанного с историей Арбата. Уже первые послереволюционные годы принесли много волнений его прихожанам. Вслед за насильственным изъятием церковного серебра в конце 1923 года некое общество "Культурная смычка" возбудило ходатайство о закрытии церкви и передаче ее здания под клуб. Руководство Музейного отдела Наркомпроса немедленно обратилось в Моссовет с письмом, в котором указывалось, что Борисоглебская церковь построена знаменитым Карлом Бланком в 1764 году и является "одним из лучших образцов барокко в Москве". Внутренняя отделка, указывали специалисты, представляла собой отличный образец стиля ампир. Реставраторы настаивали на "полной неприкосновенности памятника"7. Власти прислушались к авторитетному мнению, и "Культурной смычке" был дан отказ.
Но уже тогда четко определилось враждебное отношение к Борисоглебскому храму. Инструктор административного Моссовета некто Фортунатов в начале 1924 года докладывал начальству, что "группа верующих храма не желательна по своему социальному составу". Сценарий был определен.
Но судьба отпустила еще пять лет жизни историческому храму Арбата. Наступил 1929 год - первый страшный год для православной Москвы, когда разом были закрыты десятки церквей. Новое законодательство в отношении государства к церкви позволяло сравнительно легко, в административном порядке закрывать и затем сносить храмы первопрестольной. Православный Арбат с его переулками пострадал на рубеже 1920 - 1930-х годов особенно жестоко. И сегодня, продолжая восхищаться этим прекрасным уголком Москвы, мы не вполне осознаем, что Арбат и Приарбатье в целом потеряли в те страшные годы большую часть украшавших его храмов.
Невиданное для старожилов Арбата зловещее действо развернулось уже в 1929 году. В апреле президиум Моссовета принимает решение о закрытии и сносе церкви Ржевской Божией Матери у Пречистенских ворот. Снос этого памятника XVII века власти мотивировали необходимостью возведения на его месте жилого здания кооператива "Показательное строительство". Жалобы верующих во ВЦИК не принесли успеха - сам "всенародный староста" М. И. Калинин подтвердил решение Моссовета о сломке.
Летом 1929 года сгустились тучи над другим старинным храмом Арбата. В июле Моссовет проинформировал музейных работников о намерении снести церковь Иконы Божией Матери Неопалимой Купины в Новоконюшенной слободе (Смоленский бульвар, угол Неопалимовского и Полуэктова переулков). На месте этого храма XVI - XVIII веков, известного особо чтимыми иконами - Неопалимой Купины и Нечаянной Радости, - власти разрешили построить жилой дом кооперативному товариществу ВСНХ. И опять верующие так и не смогли отстоять свою святыню - весной 1930 года началась ломка храма8.
Городские власти сделали арбатские храмы экспериментальным полигоном сооружения безликих жилищ рабочих, вероятно, с целью "разбавить" арбатское дворянство и интеллигенцию пролетарским элементом.
Инициаторами атеистического наступления на Борисоглебский храм выступили члены Хамовнического райсовета, просившие Моссовет разрешить им снести памятник для расширения площади. Просьба была передана в административный отдел Моссовета, давшего в духе того времени заключение: "...церковь расположена как бы на островке Арбатской площади; причем со всех четырех сторон наблюдается усиленное и беспорядочное движение, грозящее жизни и безопасности проходящим гражданам". Повод для уничтожения храма был найден. Все до деталей напоминало историю сноса в 1927 - 1928 годах Красных ворот и церкви Трех Святителей на Красноворотской площади. Тогда после варварского разрушения этого замечательного ансамбля обнаружилась практическая бессмысленность произведенной сломки. Но этот урок советских геростратов вовсе не смутил.
Против уничтожения арбатского памятника старины выступили музейные работники, обратившиеся в июле 1929 года с письмом протеста в Президиум Моссовета. Специалисты предлагали для улучшения движения снести двухэтажный дом перед храмом и указывали на возможность уменьшения широких тротуаров, "т. к. пешеходное движение здесь ничтожно". Но разве эти основания могли повлиять на Президиум Моссовета, состоявший из людей, безразлично или даже враждебно относившихся к старой Москве? 4 октября Президиум Мособлисполкома принимает решение о сносе Борисоглебского храма, указав в постановлении, что "...здание церкви Бориса и Глеба на Арбатской площади стесняет движение и, кроме того, по проекту новой планировки указанной площади подлежит сносу..."9.