Первоначально разногласия носили сугубо мировозренческий характер. Дело заключалось в том, что в 20-е годы возникло "резкое расслоение в многоликом русском анархизме", приведшее, по словам В. В. Налимова, к появлению "как бы двух направлений" в нем. Известный математик, философ и психолог профессор Налимов, посещавший в юности собрания анархистов в Кропоткинском музее, вспоминает: "Одно - воинственное, традиционно революционное, запал которого был направлен на уничтожение государства и главная идея которого сводилась к радикальному, мгновенному изменению внешних условий. Другое - прямо противоположное, направленное на изменение внутреннего состояния - сознания человека, акцентировавшее духовный поиск и развитие, обеспечивающие естественное возникновение нового общества без насилия и принуждения. Это было философски оформленное учение, опирающееся на весь духовный опыт человечества, получившее название мистического анархизма - духовного пути к акратии"38. Идейное содержание этого учения строилось на сочетании христианской этики с духовной программой, почерпнутой у древних религий и оккультных движений. Бакунин, Кропоткин и Толстой объявлялись анархо-мистиками "пневматиками", "языческими волхвами с Востока", принесшими в мир благую весть анархии. Советскую власть в ее марксистском обрамлении анархо-мистики считали властью Иальдобаофа (одно из воплощений сатаны). В роли спасителя родины волхвов - России - они видели интеллигенцию, преображенную их идеями и сплоченную на основе орденских объединений. Идея сплочения интеллигенции принадлежала, по всей видимости, А. А. Карелину, приступившему с 1919 года к организации рыцарских (тамплиеров и розенкрейцеров) кружков. Среди не имевших отношения к политическому анархизму людей, входивших в эти кружки, - Анастасия Цветаева и ее друг, поэт-импровизатор Б. М. Зубакин, режиссеры С. М. Эйзенштейн и Ю. А. Завадский. В близких отношениях с розенкрейцерами пребывал М. А. Чехов. Так возникла целая сеть орденов и братств. Рыцари московского "Ордена Света" чаще всего собирались на квартире (Арбат, 57) театрального художника Л. А. Никитина, находившейся неподалеку от кинотеатра "Арс"39.
После смерти Карелина в 1926 году ведущую роль в анархо-мистическом движении стали играть А. А. Солонович и Н. И. Проферансов. Доцент МВТУ им. Баумана, математик и философ Алексей Солонович, принадлежавший в прошлом к Антропософскому обществу, имел широкие связи в среде научной и творческой интеллигенции. Он был одним из инициаторов создания "Вольного Содружества духовных течений", объединявшего теософов, антропософов, толстовцев и анархо-мистиков40. Жил Солонович недалеко от Кропоткинского музея по адресу: Полуэктов пер., д. 3, кв. 4. Его главным оппонентом на публичных диспутах в стенах музея выступал талантливый экономист и историк, университетский профессор Алексей Боровой. Он тоже пытался обосновать новую философию анархизма, называемую им анархогуманизмом и философией революционного синдикализма41. Начавшаяся полемика между материалистами и гностиками вызвала резонанс на страницах международной анархической печати. Обе стороны вели себя недостаточно корректно, переходя на личности, вплоть до обвинений в провокации. Скорее всего, провокация действительно имела место, но не со стороны Борового и Солоновича, а со стороны ГПУ. Так или иначе в течение 1929 - 1930 гг. были арестованы практически все остававшиеся к тому времени на свободе анархисты, причем принадлежавшие к обоим направлениям. При обысках у них были обнаружены материалы, свидетельствующие о попытках активизации оппозиционной деятельности, например, листовки с протестом против принудительной коллективизации42. Параллельно с анархистами произошел разгром толстовского движения.
Всероссийскому Общественному Комитету по увековечению памяти П. А. Кропоткина был нанесен тяжелый урон. Он лишился своей Анархической секции и увлеченной идеями Кропоткина молодежи в ее лице. Воспользовавшись тем, что при ликвидации издательства "Голос Труда" в 1929 году в музейную библиотеку поступили его издания, ГПУ конфисковало из музея 6 возов (!) книг43. Кроме того, жертвами начавшихся против интеллигенции репрессий стали видные деятели комитета. В 1929 году был расстрелян один из его организаторов - П. И. Пальчинский. Были арестованы и сосланы заместитель заведующего музеем Д. А. Бем и член комитета Ф. К. Рындин. Еще один член комитета, родной племянник Петра Алексеевича, адвокат Н. А. Кропоткин, также оказался в ссылке. Подверглись репрессиям двое других родственников Кропоткина - Н. М. Поливанов и К. А Половцева. А секретаря комитета, душеприказчика Кропоткина Н. К. Лебедева от высылки на север спасла... скоропостижная смерть. В довершение ко всему сказанному на Музей Кропоткина было совершено разбойное нападение (грабители воспользовались арестом Бема, отвечавшего за охрану музея). По воспоминаниям В. А. Перелешина, "три бандита сломали окно в библиотеке П. А. Кропоткина, но, не сумев проникнуть далее, взломали окно в траурной комнате и с криком "Руки вверх!" ворвались в спальню Михаила Петровича44, ограбили все дочиста его личное имущество и скрылись. Из музейного имущества были бандитами похищены мраморные каминные часы, подаренные Петру Алексеевичу испанскими анархистами, и часть столярного инструмента, выставленного на его верстаке"45.
В результате усилившегося давления сверху общее собрание комитета в мае 1933 года утвердило новое "Положение" о нем. Оно лишь формально зафиксировало то, что уже произошло на практике. Ни о какой пропаганде взглядов великого революционера речи уже не шло. Акцент деятельности комитета был перенесен на научную работу. Изменился и состав руководителей комитета, с поста его председательницы ушла Вера Фигнер. Отвечая на запрос комиссии Академии наук по подготовке справочника научно-исследовательских учреждений СССР в сентябре 1936 года, новый директор Музея им. Кропоткина А. Макаревский и сменивший Лебедева на посту секретаря Комитета по увековечению памяти Кропоткина В. Перелешин сообщали, "что Музей ведет следующие научно-исследовательские работы: 1) Составляет полный библиографический список трудов П. А. Кропоткина. 2) Собирает статьи П. А. Кропоткина, рассеянные в разных газетах и журналах. 3) Извлекает из архивов документальные материалы к уточнению отдельных эпизодов из жизни и деятельности П. А. Кропоткина. 4) Подготавляет материалы к изданию полного собрания сочинений П. А. Кропоткина. 5) Систематизирует переписку П. А. Кропоткина"46.
На последнем этапе существования комитета и музея активную роль в их деятельности играли известный кооператор, в прошлом председатель правления Московского народного банка В. А. Перелешин, писатель и географ С. С. Анисимов, публицист и кооператор М. П. Неведомский-Миклашевский, женатый на племяннице Кропоткина, престарелая писательница В. И. Дмитриева, архитектор Г. В. Гориневский (один из учеников Солоновича) и др. Одним из экспертов музейной комиссии был будущий академик Н. М. Дружинин. После формального закрытия, а фактически разгрома Общества политкаторжан в 1935 году Музей им. Кропоткина стал последней отдушиной для ветеранов освободительной борьбы в России. Они все еще пытались сохранить свое "я", демонстрировать свою независимость и иметь собственные суждения. И как бы наивно это ни прозвучало, нужно отдать должное (за немногим исключением) честности этих людей. Чего стоит хотя бы выступление народоволки В. Дмитриевой с докладом "Этика и П. А. Кропоткин" 8 февраля 1938 года, звучащее как вызов творцам террора!