После Смутного времени, времени самозванцев и вторжения в Москву поляков и литовцев, изгнанных князем Пожарским, Кремль найден был в ужасном состоянии: в церквах все было ободрано, раки святителей, золотые и серебряные, были рассечены поляками на части и разделены между собой, образа порублены, везде была страшная нечистота, а в чанах местами найдена была приготовленная из человеческого мяса пища. Все это было делом шайки поляков, запершейся в Кремле под начальством Николая Струса.
По словам Адама Олеария, голштинского ученого, который посетил Москву в 1634 и 1636 годах при царе Михаиле Федоровиче, большую часть Китай-города занимал тогда Кремль, обведенный толстой каменной стеной. Внутри этих стен, сообщал Олеарий, находится много богатых каменных зданий, палат и церквей, занимаемых и посещаемых великим князем, патриархом, важнейшими государственными советниками и боярами. Царь Михаил Федорович выстроил великолепный дворец и каменные палаты в итальянском вкусе для своего сына, но сам жил ради здоровья в деревянном дворце. Патриарх тоже выстроил для себя великолепный двореи, который немногим хуже великокняжеского. В Кремле два монастыря, мужской и женский, и до 50 церквей, главы которых покрыты гладкой, крепко вызолоченной жестью, которая при солнечном свете ярко блестит и тем придает всему городу великолепный вид. На самой середине Кремлевской площади стоит чрезвычайно высокая колокольня со множеством колоколов, называемая "Иван Великий", глава которой тоже обита золоченой жестью. Рядом с ней стоит другая колокольня, на которой помешается самый большой колокол, вылитый при Борисе Годунове. В этот колокол звонят только в большие праздники, а также при встрече великих послов и при шествии их на торжественное представление. Для звона в этот колокол привлекается 24 человека и даже более, которые стоят на площади внизу и, ухватившись за небольшие веревки, привязанные к двум длинным канатам, висящим по обеим сторонам колокольни, звонят поочередно то с одной, то с другой стороны, соблюдая большую осторожность, чтобы не произвести сотрясения колокольни, от чего она могла бы разрушиться. Для той же цели наверху, у самого колокола, стоят несколько человек, которые помогают приводить в движение язык колокола. В Кремле же находятся великокняжеские казнохранилища и продовольственные и пороховые дома.
При царе Михаиле Федоровиче застраиваемый внутри Кремль снаружи оставался в прежнем виде. Переделаны были только Фроловские ворота, о которых далее будет особая статья.
В царствование Алексея Михайловича была выстроена в Кремле Крестовая палата Патриаршего дома, набережные хоромы Иконного терема и Потешный дворец. Указом 1657 года было запрещено погребать в Кремле усопших, а до тех пор при кремлевских церквах находились кладбища, огороженные надолбами и заборами. Кромецарских дворцов, приказов, аптек и других казенных зданий в Кремле в то время помещались и палаты бояр и духовных лиц. Из боярских дворов известны: Трубецкого, Одоевского, Голицына, Милославского, Морозова, Шереметева, Черкасского, Стрешнева и др. Однако же, деревянных строений было больше, чем каменных, потому что москвичи предпочитали в то время для житья деревянные хоромы и брусяные избы каменным палатам. Улицы были вымощены тоже брусьями и досками. При Михаиле Федоровиче, а затем и при Алексее Михайловиче в Кремле были разбиты два сада, верхний и нижний, по скату Кремлевской горы, в которых были пруды, выложенные свинцовыми досками, водометы и оранжереи с редкими иностранными растениями и плодовыми деревьями. У Боровицких ворот, на Неглинной, был разбит плодовый царский сад, в котором даже имелись виноградные лозы, лимонные, лавровые и фиговые деревья, а в царском тереме был сделан комнатный сад. Кроме того, царские сады были на Царицыном лугу, где Болотная площадь1, близ Немецкой слободы, и в селе Измайлове.
Страшное несчастье в виде чумы охватило Москву и ее окрестности в сравнительно счастливое царствование Алексея Михайловича в 1654 году. Царь в то время, после удачного похода против Польши, находился в Вязьме. Никакие меры против ее распространения не помогали. Под угрозой смертной казни было запрещено сообщение между зараженными и незараженными деревнями. Зараженные деревни оцеплялись стражей, которая никого не пропускала и раскладывала частые огни вокруг поселений. Царское семейство вместе с патриархом Никоном поместилось в Калязинском монастыре. Грамоты, присылаемые туда из Москвы, тщательно окуривались. Ужасны были известия, сообщаемые этими грамотами: в них говорилось, что почти вся Москва вымерла, в лавках никто не сидит, преступники из тюрем разбежались, множество дворов разграблено и остановить грабежа некому. По списку, сделанному царским наместником князем Пронским, всего умерло 400 800 человек. Сам Пронский сделался жертвой моровой язвы, а равно и три митрополита, присланные вместо себя Никоном. Множество трупов валялось по улицам Москвы и по ее домам, и голодные псы и свиньи рвали их на клочки. Дошло до того, что уже не хватало гробов для покойников, и их не успевали даже хоронить с обычными обрядами, а рыли просто огромную яму и сваливали туда тела. Тогда от царя прислан был в Москву приказ запереть все ворота в Кремле, оставив только калитку на Боровицкий мост, но и ту запирать на ночь. Осенью болезнь начала ослабевать, а начавшиеся морозы в декабре и совсем прекратили бедствие. Весь Кремль по случаю смерти дворцовых людей занесло снегом. Только в феврале следующего года царь приехал в Москву.
При царе Федоре Алексеевиче московские церкви стали разделяться на сорока, или заказы2, Сороков было шесть: Китайский, Пречистенский, Никитский, Сретенский, Ивановский и Замоскворецкий. В первом сороке было 136 церквей и, кроме того, не считавшихся в этом сороке - 23. Во втором - 210. В третьем - 176. В четвертом - 150. В пятом - 117. В шестом - 44, да придельных и домовых церквей - 87, итого во всех сороках насчитывалось 943 церкви, в том числе во имя св. Николая Чудотворца церквей соборных, монастырских, придельных и домовых - 128.
Благодаря проискам царевны Софьи, желавшей по смерти брата Федора захватить в руки власть. Кремль видел в своих стенах мрачные буйства стрельцов, разразившиеся многими убийствами: стольника Салтыкова с отцом, боевого воеводы Ромодановского, любимца царя Федора, Языкова, доктора Гадена, Ивана и Афанасия Нарышкиных и, наконец, знаменитого Артамона Сергеевича Матвеева, родственника царицы Натальи Кирилловны.
В Кремле же, в Грановитой палате, произошел 5 июля 1682 года и безобразный спор раскольников с православными, коноводом которого был расстрига Никита Пустосвят, вскоре казненный. В той же палате при правительнице Софье Алексеевне торжественно были принимаемы послы польские и шведские, а в 1686 году москвичи впервые увидали царевну Софью, участвовавшую в торжественном шествии государей Ивана и Петра Алексеевичей по случаю перенесения мощей святителя Алексея из церкви Архангела Михаила в новую церковь во имя того же святителя в Чудовом монастыре. Это было не в обычае того времени: в подобных всенародных шествиях царицы никогда прежде не участвовали. При большом звоне во все колокола Софья вышла вместе с обоими государями из дворца и прошла с ними в Чудов монастырь. Здесь она стояла во время службы подле них, а когда цари вместе с патриархом понесли угодника, она одна из всего царского семейства следовала за ними. С этих пор она не пропускала уже ни одного торжества или крестного хода, чтобы не показаться народу. Этим она старалась достичь того, чтобы народ привыкал смотреть на нее как на свою царицу.
Великое царствование Петра придало Кремлю новый величавый характер. Стирая с лица земли все негодное, старое, отжившее свой век, он очистил Кремль от загромождавших его частных домов, находившихся между Никольскими и Троицкими воротами по обеим сторонам улицы до ограды Чудова монастыря и до кремлевской стены у Вознесенского монастыря. При этом были сломаны дворы князя Одоевского, кравчего Салтыкова и взята земля, бывшая под двором боярина Стрешнева. Кроме того, разобраны Сахарные палаты, где был первый сахароваренный завод. Тут начата постройка Арсенала. При Петре же, указом 1705 года, велено вместо деревянных мостовых делать в Кремле, в Китай-городе и на больших улицах мостовые из дикого камня.
В последующие царствования были окончены в Кремле постройки, начатые Петром, произведены новые, и старый Кремль явился как бы в обновленном виде - чистый, сияющий, священный. Не одолел его даже своими силами великан своего века - стопобедный Наполеон. В бессильной злобе взорвал он кремлевскую стену - ребро груди Москвы белокаменной - и нагло писал императору Александру: "Твоего Кремля нет - покорись!" "Отпущу бороду по пояс и отступлю за Волгу и Урал, но не покорюсь врагу!" - ответил царь могучего народа. И несметные силы гордого пришельца растаяли, как воск пред лицом огня, под дыханием народного мщения. Так дохнула Москва - и за ней вся Россия! Кремль уже более не видал в недрах своих врага!