Когда Василий окончательно утвердился на великокняжеском престоле, он решился возвести св. Иону в митрополиты. Так как в Цареграде продолжали униата Исидора признавать митрополитом, то великий князь, без участия константинопольского патриарха, приступил к этому делу и для этого созвал в Москве Собор Епископов. Сюда прибыли владыки Северо-восточной Руси: ростовский, суздальский, коломенский и пермский, а владыки новгородский и тверской прислали свои грамоты с изъявлением согласия на поставление Ионы. Соборные совещания епископов, архимандритов, игуменов и прочего духовенства происходили в Архангельском соборе. Вспомнив, кроме канонических правил, русские примеры избрания в митрополиты Илариона и Климента, остановили свой выбор на св. Ионе и, наконец, 5 декабря 1448 года, во время торжественной литургии, возложили на Иону митрополичий омофор и дали ему в руки великий посох первосвятителя Петра, находящийся ныне в Успенском соборе. Новый митрополит разослал по всей Руси окружное послание о своем поставлении. Впрочем, некоторые из духовных лиц высказывались против такого избрания. Так, игумен Пафнутий Боровский не велел в своей обители называть св. Иону митрополитом. Новый владыка вызвал его в Москву, наказал его своим жезлом и заключил в оковы. Пафнутий смирился и был отпущен в свой монастырь. Воспроизводим печать св. Ионы. Мощи этого святителя почивают в Успенском соборе, и он почитается особым и преимущественным молитвенником о наших государях.
Вышеприведенные печальные события не помешали, однако, развиваться Москве как городу. Храмовая ее стихия все росла. Василий II вместо пришедшей в ветхость церкви Иоанна Предтечи под Бором, где жил первоначально св. Петр митрополит, построил новую каменную. Митрополит Иона выстроил на своем митрополичьем дворе новую каменную палату и храм Положения Ризы Пресвятой Богородицы. Эта небольшая церковь была построена в новгородско-псковском стиле. Поводом к этому были следующие обстоятельства: после бегства Шемяки в Новгород, казанские татары подступили к Москве, а великий князь, оставив город св. Ионе и матери своей Софье Витовтовне, уехал на Волгу собирать войско. Враги выжгли посады. Перед приступом был совершен крестный ход вдоль кремлевских стен. Татары стали осыпать осажденных стрелами. Св. Иона обратился к иноку Чудова монастыря Антонию Клозыне, прося и его помолиться; он отвечал: "ты великий архиерей, твои молитвы не презрит Богородица, город будет спасен, а я один буду убит". Антоний тут же упал, насмерть пораженный стрелой, а татары, услыхав какой-то шум вдали и думая, что идет великий князь, ушли из Москвы. Это совершилось в 1451 году, 2-го июля, в праздник Положения Ризы. Спустя четыре года, в память победы над татарами на Оке, митрополит в Успенском соборе устроил придел Похвалы Богородицы, перенесенный при Иоанне III в юго-восточную главу собора, где он находится и теперь и куда ведет каменная лестница из придела Димитрия Селунского. Сам великий князь при церкви Иоанна Предтечи, близ Боровицких ворот, построил тайник, где впоследствии хранилась погибшая, однако, во время пожара казна Софьи Фоминишны Палеолог.
В это же княжение основан Крестовоздвиженский монастырь в Белом городе, между Кремлем и Арбатскими воротами, отчего улица стала называться Воздвиженкой. На месте этого монастыря находился окруженный большими садами дом боярина Владимира Григорьевича Ховрина, любимца и казначея великокняжеского. По ослеплении Василия II, он на месте приходской церкви основал монастырь, в коем сам принял иноческий постриг. Во время одного нашествия татар он со своими монахами вооружился и соединился с войском воеводы князя Юрия Патрикеевича и способствовал победе над неприятелем.
В 1456 году Василий Васильевич, по просьбе Смоленского епископа Михаила, возвратил в Смоленск икону Божьей Матери, привезенную оттуда Софьей Витовтовной и находившуюся в придворном Благовещенском соборе. Икону проводили 28-го июля торжественным крестным ходом, в косм участвовал великий князь со своим семейством, митрополит Иона и множество народа, до церкви Саввы Освященного, на Девичьем поле.
В это время Кремль был уже значительно застроен княжескими, боярскими и владычими дворами. Там находились следующие архиерейские и монастырские подворья: Симоновское - у Никольских ворот, Кирилловское - у Фроловских ворот и рядом с ним Крутицкое - против Вознесенского монастыря, Троицкое - у Троицких ворот, а вне Кремля Угрешское - у церкви св. Петра Чудотворца на городе, и Коломенское - на Подоле. При подворьях были деревянные и каменные церкви.
Москва и при Василии 11 подвергалась опустошительным пожарам. Когда она плакала о пленении его Улу-Махметом, ханом Казанским, в Кремле сделался такой сильный пожар, что не только деревянные здания, в том числе и дворец великокняжеский, но даже и каменные церкви и стены местами рушились, и народу погибло 3000 человек.
Семейству великого князя негде было жить, и оно должно было удалиться в Ростов. Когда Василий II был отпущен из плена за большой выкуп (по одному свидетельству в 200 тысяч), в Москве произошло землетрясение. Оно было непродолжительно, однако колебание почвы было очень заметно и навело страх на жителей. Впрочем, стольный город встретил великого князя с большим торжеством. Но нерадостен был его въезд в столицу, которая еще не успела оправиться от недавнего пожара. Великий князь принужден был остановиться за городом, на Ваганькове (где теперь Румянцевский музей), в доме своей матери, а потом занял в Кремле двор князя Юрия Патрикеевича; великий князь, утешая москвичей, говорил: "Не унывайте, пусть каждый ставит хоромы на своем месте, а я рад вас жаловать и дать вам льготы".
Несмотря на все эти беды, в Москве продолжали развиваться разные отрасли техники, в особенности чеканка монеты. Деньги этого княжения превосходят предшествующие и своей выработкой, и разнообразием штемпелей и подписей. До нас дошло 87 разных монетных чеканов Василия Темного. По части надписей укажем на то, что этот великий князь первый стал выбивать на монетах титул: "господарь всея Руси". Из всей массы штемпелей мы отметим только то, что здесь повторяются появившиеся в предшествующее княжение всадники и с соколом, и с копьем в руке. Но копейный всадник на монетах Василия II уже, чего прежде не было, поражает дракона; эта эмблема при Иоанне III окончательно делается государственным гербом Москвы и, при религиозном характере нашей геральдики, отождествляется с Георгием Победоносцем, ангелом основателя Москвы. Кроме всадников этого типа встречается в это время еще и всадник-мечник, с поднятым над головой мечом, похожий на литовский герб. Оставляя в стороне изображение мифологических животных, людских голов и фигур и прочего, мы должны еще упомянуть о нумизматическом изображении князя на престоле не с крестом в руке, как на киевских монетах, а с мечом. Все это свидетельствует о росте государственного сознания в Москве и о развитии монетного дела. Воспроизводим монеты Василия II с изображением всадника, поражающего дракона, и всадника-мечника.
В 1445 году великий князь с ратью пошел навстречу татарам к Суздалю. Он расположился здесь станом и 6-го июля весело поужинал в своей палатке с князьями и боярами и пировал с ними до утра. Вставши от сна, когда уже взошло солнце, он велел служить заутреню и после нее хотел опять лечь отдохнуть. Вдруг пришла весть, что татары уже переходят через речку Нерль. Василий облекся в доспехи и, распустив знамена, двинулся с князьями в поле.
Великий князь, напоминавший храбростью деда своего Димитрия Донского, стремительно ударил на татар, которые были вдвое многочисленнее русских, и разбил их. Но наши оплошали и разбрелись за добычей. Тогда татары, оправившись, ударили на них. Василий мужественно отбивался, но получил многие раны и ушибы; только благодаря крепкому панцирю и шлему они оказались не опасными. Но наши были побиты, и сам Василий Васильевич был взят в плен. Татары сняли с него даже крест-тельник и отослали его в Москву к великим княгиням - жене и матери. Впоследствии он был отпущен из плена. Но после своего ослепления великий князь уже утратил охоту к боям и весь был поглощен делами государственного управления.
В 1450 году слепец-князь сделал соправителем своего сына Иоанна, и грамоты стали исходить от имени двух великих князей.
В своем духовном завещании, укрепляя за ним великокняжеское достоинство, Василий наделяет этого сына своего огромными, по сравнению с другими сыновьями, землями и тем упрочивает в Московском государстве единодержавие. По этой духовной лучшая большая часть недвижимой собственности передается великому князю.
В 1462 году Василий Васильевич разболелся сухотной болезнью и приказал на разных местах тела жечь трут - обычное в то время средство против названной болезни, как видно из тогдашних лечебников, так называемых "Добропрохладных вертоградов". На теле открылись раны, которые начали гнить. Предвидя скорый конец жизни, великий князь хотел принять иноческий чин и схиму, но его от того удержали.
Василий II погребен в Архангельском соборе, возле иконостаса, близ южных дверей. Надгробная надпись гласит: "В лето 6970 - 1462 марта в 28 день преставися благоверный и христолюбивый князь великий Василий Васильевич Темный".
Воспроизводимые в качестве памятников того времени две печати принадлежат одна великому князю Василию II, а другая его сопернику Димитрию Шемяке. На первой изображена голова в короне, на другой - витязь в шлеме.