С 1775 года академия, имевшая ранее непосредственные сношения с высшим духовным правительством, была подчинена митрополиту Платону, который и начал создавать новую постановку учебного дела: он давал инструкции ректору, префекту, наставникам и ученикам. При нем число учеников возросло до 1500, возросли средства по содержанию академии, но академические здания клонились к разрушению, и потому возникло дело о перемещении академии в другое место, что и было исполнено в 1814 году. Академию, как уже сказано, перевели в Троицкую лавру. После перемещения академии в ее зданиях некоторое время находилась Московская духовная семинария, а затем помещено Московское духовное Заиконоспасское училище.
Заиконоспасский монастырь числится ставропигиальным монастырем 2-го класса. Кроме настоятеля по штату положены казначей, шесть иеромонахов, четыре иеродиакона и пять монахов.
Заиконоспасскому монастырю принадлежит часовня и церковь Владимирской Богородицы у Владимирских ворот при въезде на Никольскую улицу.
Знаменский монастырь и палаты бояр Романовых. Знаменский монастырь основан в 1631 году - в год кончины матери царя Михаила Федоровича инокини Марфы Ивановны. Тут была прежде домовая церковь боярина Никиты Романовича, находившаяся при его палатах. Указ об основании монастыря состоялся 24 сентября 1631 года. Грамотой царя Михаила Федоровича от 1 ноября того же года монастырь наделен родовыми царскими населенными имениями и угодьями, бывшими за инокиней Марфой Ивановной. Кроме бывшей уже домовой церкви Знамения, холодной, в монастыре вскоре была построена теплая во имя Афанасия Афонского с трапезной. Знаменательно избрание святого, кому посвящена новая церковь. Афанасий Афонский был ученик и постриженник преподобного Михаила Малеина, ангела царя Михаила Федоровича1, но во имя Михаила Малеина уже был построен придел в Вознесенском монастыре, где жила мать Михаила Федоровича великая старица Марфа Ивановна и где царь всегда молился в день своего ангела. Кроме того, св. Афанасий Афонский создал обширный монастырь на средства греческого царя Никифора Фоки, который был племянником Михаилу Малеину. День празднования Афанасия Афонского совпадает со днем великого русского святого преподобного Сергия Радонежского2.
Помимо двух зданий, составлявших палаты Романовых, были построены деревянные кельи, больница и монастырь, местами обнесенный решетчатым забором, а больше частоколом, как то было и у других монастырей в начале XVII века. В 1668 году, когда пожар опустошил Москву, пострадал и Знаменский монастырь, о чем и подано было царю Алексею Михайловичу донесение и прошение. На прошение это отозвались сильные царские родственники Милославские. Царь же взял на себя покрытие кровлей Знаменской церкви. Иждивением Милославских, особенно же Ивана Михайловича3, а частью и монастырским не только восстановлены старинные палаты, но и построены многие другие монастырские здания и вместо бывшей деревянной - каменная ограда. Иван Михайлович по обещанию своему сложил новую церковь Знамения с теплым приделом под ней во имя Афанасия Афонского на месте прежде бывшего того же святого. Всех каменных зданий в конце XVII века возобновлено и вновь построено до 10. Собор начат строением в 1679 году и кончен в 1684. Устроение иконостаса и внутренняя отделка, а частью и внешняя довершены иждивением царским и других усердствующих лиц. Собор строили русские мастера Федор Григорьев и Григорий Анисимов по образцу Успенского собора, но по слабости грунта на 2426 дубовых сваях. По случаю смерти Ивана Михайловича Милославского велено было окончить постройку боярину князю Василию Федоровичу Одоевскому. В 1684 году собор был готов к освящению и 27 июля верхняя церковь торжественно освящена святейшим патриархом Иоакимом.
Знаменский собор подобно многим древним церквам внешне имеет форму корабля, переднюю часть которого представляют два алтаря: верхний и нижний, выступающий там, где верхний кончается, а заднюю часть - паперть с лестницей. Середину собора составляют возвышающиеся над прочими частями стены, квадратно расположенные, завершающиеся сводом и пятью главами, из которых четыре по углам глухие, шея же пятой главы составляет купол с четырьмя окнами. Внутри верхней церкви столпов нет, но свод, купол и главы опираются на толстые стены собора. Так как собор построен на сваях, то лет через 50 после построения стены начали понижаться, а столп в середине трапезной, на который сведены своды от стен, не имея над собой большой тяжести, стал опускаться вниз в соответствии со стенами. Вследствие этого своды пришлось исправлять, причем сделаны и другие поправки. К 20-м годам XIX столетия как самый храм, так и другие монастырские строения снова обветшали, чему немало способствовал 1812 год. Замечательно, что во время пребывания в нем неприятеля с разрешения французского коменданта Лессепса, квартировавшего вблизи, отправлялось божественное служение в теплой церкви монастыря и продолжалось до выхода неприятеля из Москвы; при этом для беспрепятственного отправления службы была поставлена стража. После разорения 1812 года на возобновление монастыря Святейшим Синодом назначено и выдано 15 тысяч рублей, и монастырь последовательно начал возобновляться как на эти средства, так и на свои и частных лиц, так что к 1827 году монастырь был совершенно возобновлен и ожил, так сказать, материально и нравственно; нравственно потому, что неоднократно перед тем возникала мысль о закрытии монастыря по ветхости его зданий. Однако находились люди, которые устраняли эту мысль напоминанием, что здесь был дом предков царствующего рода Романовых.
В монастыре существует одна только двухэтажная соборная церковь с престолами: вверху - Знамения Богородицы, внизу - Преподобного Сергия Радонежского с приделом Николая Чудотворца. В главном иконостасе собора находится образ Знамения Богородицы, тот самый, перед которым молился родоначальник царей святейший патриарх Филарет Никитич. Есть родовое моление царствующего Дома Романовых. Из описи домовой церкви Знамения, составленной в 1631 году, видно, что не только святая икона, но и сами украшения ее большей частью сохранились в целости с тех времен. То же показывает и изображение Пресвятой Богородицы с Предвечным Младенцем и святыми. Людьми, изучавшими искусство древней иконописи, написание иконы относится к XVI веку или не позднее начала XVII века. Цвет красок на ликах имеет вид крепости кости, около ликов, около ручек и между перстов Богоматери и Спасителя обведено золотом. Икона эта не была даже ни разу обновляема. Постоянное пребывание ее в холодных церквах Знамения, без сомнения, содействовало сохранению ясности святых ликов. Только в 1843-1844 годах сделаны были некоторые изменения в украшениях иконы, которые, не скрыв ее древности, придали ей только более благообразный вид. Перед иконой Богоматери стоит подсвечник, в который вставлена серебряная лампада - дар великой инокини Марфы Ивановны за многолетнее здравие сына, о чем свидетельствует сделанная на лампаде надпись4. Из других образов замечательны: древняя икона Знамения с херувимами, как полагают знатоки, кисти известного живописца Симона Ушакова, образ Страшного Суда на правой стороне паперти при входе в нижнюю церковь, относящийся к концу XVII века, так называемого фряжского письма, и образ Казанской Божьей Матери древней иконописи XVII века. Ризница монастыря довольно богата, хотя многие вещи и похищены в 1812 году5. В монастырской библиотеке есть также немало замечательных рукописей и книг, хотя опять-таки некоторые из них порваны и расхищены в том же, 1812 году. Все это были вклады царей, цариц и частных лиц. Большинство из них относится к XVII и XVIII векам