Первыми учениками типографскому искусству были пять человек: Алексей Кирилов, Николай Семенов, Федор Поликарпов, Федор Агеев, Иосиф Афанасьев и монах Чудова монастыря Иов. В то же время указано синклитским и боярским детям учиться в той же новозаведенной школе. Из наук на двух языках - греческом и славянском - преподавались: риторика, диалектика, логика и физика; грамматика же и пиитика - только на греческом. Переводчиками необходимых книг были ученики, и ученое дело шло весьма хорошо, но вскоре училище едва не было закрыто. Сильвестр (Семен) Медведев, бывший ученик Полоцкого, попал в дело Шакловитого, и это повлияло на существование школы, так как Медведев был преемником Полоикого по монастырю. Начались наговоры, клеветы. Шакловитый и Медведев были казнены, а учителей патриарх Адриан разослал по монастырям1. Место их заняли их ученики Николай Семенов и Федор Поликарпов, но они учили только на греческом языке.
Существование академии начинается собственно с 1686 года, когда для этого было отстроено и освящено здание в Заиконоспасском монастыре и туда перешли Лихуды из Богоявленского монастыря и было переведено еще одно училище, Андреевское, основанное боярином Федором Михайловичем Ртищевым еще при царе Алексее Михайловиче и находившееся на берегу Москвы-реки в так называемой Преображенской пустыни.
В истории академии различают три периода. Первый - от Лихудов до Палладия Роговского2 (1685-1700). В то время преобладает образование греческое, и академия называется Эллино-греческой. Второй - от Палладия Роговского до времен митрополита Платона (1700-1775). Характер образования в эту эпоху чисто латинский, и академию называют Латинской, или Славяно-латинской. Третий период - от времен Платона до преобразования академии и перемещения ее в Троицкую лавру (1775-1814). В это время она называется Славяно-греко-латинской академией. Сюда переводится из монастыря Св. Николая на Перерве Московская семинария, а там остается низшее духовное училище. Академия управлялась ректором и префектом, или инспектором. По уставу академии последние должны быть такими, "которых учение и труды уже известны", а префект должен быть "не вельми свирепый и не меланхолик", и оба должны быть "тщательны в своем деле".
Начальникам академии давались многие ученые поручения. Так, ректору в 1722 году были даны взятые в лавках на Спасском мосту писаные подозрительные тетради и так называемые волшебные тетради. Пойманных с такими тетрадями наказывали плетьми и потом отсылали к ректору на увещание. Полиция, находя волшебные записи, гадательные книги у простодушных людей, зараженных суеверием и обольщавших колдовством, отсылала их к ректору академии. Так, в 1726 году найдены были такого рода письма у одного иеродиакона Прилуцкого монастыря, Аверкия, который для вразумления был представлен ректору Гедеону.
Любопытный случай рассказывается и в бумагах того же года. К ректору Гедеону из Полицмейстерской канцелярии был прислан дворовый человек князя Долгорукого Василий Данилов, который, вступив в сношение с дьяволом, украл по его наущению золотую ризу с иконы Богоматери и попался в руки правосудия, от которого, невзирая на просьбы, не был избавлен дьяволом. Ректор должен был выслушать историю его видений и по двухдневном увещании возвратить его в полицию. Присылали также к ректорам для увещания и раскольников. К лицам, требовавшим увещания, относили и таких, которые впадали в задумчивость и в душевное расстройство. В этих случаях предписывалось психическое врачевание больного. В 1744 году к ректору Порфирию был прислан студент Академии наук Яков Намеянов, впавший в "меланхолию". В бумаге предписано: "Определя его к кому из учителей, велеть разговаривать и увещевать и при том усматривать, не имеет ли он в законе Божьем какого сумнения".
Ученики в академии были всякого звания. В 1736 году в нее поступило 158 детей дворянских, между которыми были князья Оболенские, Прозоровские, Хилковы, Тюфякины, Хованские, Голицыны, Долгорукие, Мещерские и др. Среди этого общества находились подьяческие, канцелярские, дьяческие, солдатские и конюховы дети. Во главе общества учеников почти во время каждого курса находились лица, имевшие уже иерархические степени - священники, дьяконы и монашествующие. Часто студента богословия, не окончившего курса, определяли в одну из церквей священником, но он обязан был ходить в академию до окончания курса. Число учеников простиралось от 200 до 600, годы учения иногда тянулись до двадцати лет. Не имевших способности к учению, но отличавшихся добрым поведением держали в академии, ожидая, не откроется ли у них со временем дарование, и если ожидания были тщетны и ученик приходил в зрелые лета, его исключали. В 1736 году таких "непонятливых и злонравных" было исключено сто человек; двух новокрещеных калмыков держали в одном классе девять лет и наконец исключили по неспособности к учению. Вообще же начальство не любило карать учеников исключением и выгоняло только тогда, когда "будет покажется детина непобедимой злобы, свирепый, до драки скорый, клеветник, непокорный и буде чрез годовое время ни увещании, ни жестокими наказании одолеть ему невозможно, хотя бы и остроумен был, выслать из академии, чтобы бешеному меча не дать".
Экзамены в академии были торжественные и продолжались три дня в собрании многочисленных посетителей. Диспуты открывались пением учеников иногда с присоединением оркестра. Диспуты риторические и пиитические состояли в разговорах нескольких учеников о каком-нибудь предмете из области природы, науки или искусства, в чтении стихотворений, в произнесении речей и т.д. К торжественным действиям, в которых принимали участие ученики, принадлежали встречи царственных особ: так, после Полтавской победы учениками на Никольской улице около академии были говорены разные "орации", у академии были устроены триумфальные ворота, украшенные эмблематическими картинами с латинскими и греческими надписями. Когда процессия приблизилась, ученики в белых одеждах с венками на головах и ветвями в руках вышли навстречу государю, полагали перед ним венки и ветви и пели кантаты.
Из академии вышло много замечательных лиц прошлого столетия. Здесь получил образование известный сатирик князь Антиох Кантемир. В этой же академии был первый по успехам М.В. Ломоносов3. Здесь же получил свое образование купеческий сын Михаил Ширяев, сделавшийся впоследствии любимцем Петра Великого. Ширяев писал стихи и жил у Петра при дворе, и государь, любя его за острый ум, называл князем и великим оратором. В этом же заведении воспитывался известный своими лирическими произведениями Василий Петров, любимец Потемкина и библиотекарь императрицы Екатерины II. Учеником академии значится Иван Магницкий, сочинитель первой арифметики, напечатанной в 1703 году. Первый профессор философии Московского университета Николай Поповский тоже был учеником академии. Он считается первым издателем "Московских ведомостей". Известный своим описанием Камчатки С.П. Крашенинников получил свое образование в этой академии. Первый переводчик гомеровой "Илиады" Ермил Иванович Костров тоже обучался сперва в академии, а затем уже окончил курс в университете со степенью бакалавра. Из учеников академии можно назвать еще В.Г. Рубана, издававшего три журнала, написавшего историю Малороссии, описание Петербурга и Москвы, автора нескольких любопытных календарей и переводчика многих книг с греческого и латинского языков. Назовем еще Н.Н. Бантыш-Каменского, Антона Барсова - соредактора "Московских ведомостей", знаменитого архитектора В.И. Баженова, украсившего Москву и Петербург многими капитальными зданиями. Наконец, здесь же учился Ефим Болховитинов, сын воронежского священника, впоследствии знаменитый митрополит киевский Евгений, оставивший по себе славу ученейшего мужа и добродетельного архипастыря.