Настоятельство в монастыре первоначально устроено было игуменское и братии было 41 человек. Монастырь состоит под управлением архимандритов и принадлежит ко 2-му классу. С самого основания монастыря и до 1771 года возле него было кладбище и число погребенных как монахов, так и разных званий лиц было значительно, судя по синодику и по обилию надгробных камней, находимых в земле при постройках. Средства монастыря сравнительно хороши: он обладает доходными домами, мельницами, лугами, огородами, которые или положены по штату, или подарены высочайшими особами и частными лицами.
Палаты бояр Романовых. По вступлении на престол царя Михаила Федоровича и по занятии им царских палат в Кремле наследственный дом его, находившийся в Китай-городе, стал известен как Старый государев двор. При доме находились каменная церковь во имя Знамения Пресвятой Богородицы и другие каменные здания, расположенные на скате горы к Москве-реке в четвероугольнике, обращенном одной стороной на Варварскую улицу. Поэтому иногда писали: "Старый государев двор, что на Варварском крестце", или "у Варвары-горы".
Вопрос о времени основания дома бояр Романовых на Варварской улице тесно связан с вопросом о доме предков их близ Георгиевской церкви на Дмитровке1. Несомненно, что двор прадеда царя Михаила Федоровича Юрия Захарьевича, скончавшегося в 1505 году, был при каменной церкви Св. Георгия на Дмитровке. Таким образом, начало Старого государева двора на Варварке не может восходить ранее XVI века. Хотя дочерью Юрия Захарьевича Феодосьей и основан был при Георгиевской церкви монастырь, о котором определенно в первый раз упоминается в 1523 году, но дом его и по основании монастыря оставался близ него во владении сына Юрия Захарьевича - Романа Юрьевича, давшего фамилию царствующему роду2. В этом доме жили дети его: Даниил, Никита и Анастасия, впоследствии первая супруга Ивана IV. В жизнеописании Геннадия Любимоградского3 сказано, что этот святой подвижник был в доме вдовы Романа Юрьевича по желанию ее и благословил ее детей, причем, благословляя Анастасию, сказал: "Ты еси роза прекрасная и ветвь плодоносная, будеши нам государыня царица". Это и совершилось 3 февраля 1547 года, когда она сочеталась браком с царем Иваном IV Васильевичем, и за что царица впоследствии много благодетельствовала монастырю Геннадия в костромских пределах. Из этого ясно, что между 1543-1547 годами дети Романа Юрьевича, Даниил и Никита Романовичи, представляются еще живущими со своей матерью. К этому еще надо присовокупить следующее соображение: так как родовой дом обыкновенно поступал в наследство старшему сыну, то двор на Варварской улице, принадлежавший младшему сыну Никите Романовичу, приобретен и основан им первоначально. В Знаменском монастыре сохранилось предание об одном из старых домов боярских, что он построен еще до рождения Филарета Никитича, и, следовательно, до 1560 года. Кроме того, так как первая супруга Никиты Романовича скончалась в 15524 году и отделение его от старшего брата естественно могло совпадать с началом его семейной жизни, то основание дома можно полагать ранее 1552 года.
Таким образом, по историческим данным и разным соображениям, основание дома Романовых на Варварской улице обязано Никите Романовичу в первой половине XVI века. В 1571 году, во время нашествия Девлет-Гирея, когда вся Москва, кроме Кремля, предана была пламени, пострадал, по всей вероятности, и двор Никиты Романовича. После этого спустя десять лет, в 1580 году, хозяин дома подвергся опале Грозного: после брака своего с Марией Нагой царь послал на двор Никиты Романовича 200 стрельцов, которые и расхитили все достояние боярина. Никита Романович, кроме того, лишился всех своих поместий и остался в совершенной бедности, так что принужден был просить у проживавших подле него англичан материи на одежду себе и детям. В дни славы и благоденствия своего Никита Романович не чуждался сближения с англичанами, и один из них давал даже уроки латинского языка сыну его юному Федору Никитичу, впоследствии патриарху российскому. Впрочем, Иван Васильевич возвратил милость к шурину по первой незабвенной своей супруге и, умирая, назначил Никиту Романовича в числе четырех ближайших советников сыну своему царю Федору Ивановичу.
По возвращении царской милости боярину Никите Романовичу, затем по вступлении в отеческое наследие Федора Никитича, бывшего в великой милости у царя Федора Ивановича, двоюродного брата его, двор их приведен в наилучший вид. В Знаменском монастыре сохранилось предание, что царь Михаил Федорович родился на Старом своем государевом дворе, или на том месте, где ныне стоит Знаменский монастырь, В первый раз предание это является записанным в первой половине XVIII века при архимандрите Николае по случаю прошений его о пособии для восстановления ветхих старинных монастырских зданий. Затем указал на то же архимандрит Аполлос в 1817 году. Михаил Федорович, как известно, родился 12 июня 1596 года. Хотя отец его Федор Никитич в 1593 и 1594 годах был псковским наместником, но жил в Москве и вел в то время переговоры с иностранными послами. В 1596 году Федор Никитич был отдельным воеводой в Крымском походе. В июне 1597 года он опять в Москве. Из всего этого можно заключить, что отец Михаила Федоровича жил в Москве, а в год его рождения, по всей вероятности, находился в Крымском походе.
Со времени заключения Федора Никитича царем Борисом в темницу в 1599 году и пострижения его под именем Филарета в Сийском монастыре Архангельской области двор на Варварке долго оставался без своего хозяина, и хотя Филарет Никитич был при самозванцах в Москве, но не долгое время и, как монах, не жил в своем доме.
По избрании Михаила Федоровича на престол России наследственный дом его не мог быть оставлен без внимания. В то время при Знаменской церкви на Старом государевом дворе был уже протопоп Иаков с двумя священниками и третьим придельным и другими лицами клира. Что же касается до палат царских, то они едва ли кем были заняты.
В 1626 году мая 3-го дня пожар, опустошивший Москву, не пошалил и государева двора. Следствием его было расширение Варварской улицы. Но каменные палаты на углу этой улицы и Псковского переулка оставлены на старом месте. Через сорок два года государев двор снова погорел. При возобновлении построек старые палаты были разобраны по погребной свод и сделаны новые палаты с крыльцом. Палаты эти получили название "на верхних погребах", иногда же их просто называли "верхними" в отличие от других, которые были на монастыре ниже их и также с погребами. С начала и до конца XVII века (до 1675 г.) палаты эти стояли одни на Варварской улице. По возобновлении в палаты были помешены казенные кельи, которые в то время после храмов Божьих считались первым местом в монастыре, так как в них находилось монастырское правление и хранились драгоценности. Палаты пристроены были к горе: они только двумя верхними этажами выходили на Варварскую улицу, а третий этаж виден был только из монастыря. В первой половине XVII века казенные кельи из палат перенесены в другое место, а в палатах поместился на житье грузинский митрополит Афанасий со штатом. Он жил в них десять лет (1752-1762 гг.), и потому палаты назывались архиерейскими. После выбытия митрополита по крайней скудости монастырских средств палаты стали отдаваться в аренду.
2Роман Юрьевич, окольничий и воевода при Иване Грозном, скончался 16 февраля 1543 г., не дожив четырех лет до радости видеть дочь свою Анастасию Романовну царицей России. Погребен в Новоспасском монастыре.
3Иначе - Костромского. Память его празднуется 23 января. Умер в 1565 г.