В 1812 году государев двор уцелел от огня и разрушения. Старинные палаты заняты были французским провиантмейстером, бывшим прежде в русской службе. По выходе французов архиепископ Августин, возвратившись из Мурома, имел в палатах временное пребывание, так как другие монастыри и подворья были разорены. Затем палаты снова были отданы внаем частным лицам.
В 1856 году началось дело о возобновлении старинных палат Романовых. 25 февраля 1857 года палаты переданы окончательно в дворцовое ведомство, и занимавшие покои жильцы оставлены для приискания нового для себя помещения до 1 мая того же года. Приступлено было к возобновлению. Позднейшие пристройки к старинным палатам отломаны и остов оставлен в том виде, в каком показывали древнее положение старинные нижние стены, оставленные в 1668 году после пожара. При разборке палат были найдены кирпичи с клеймом двуглавого орла с опушенными крыльями без корон, что ясно показывало, что палаты основаны не позже XVI века. Нижний подвальный этаж был сложен из белого камня с печурами в стенах.
Наконец, обновление палат начато 31 августа 1858 года... На закладке при входе на паперть государя встретил митрополит Филарет с напрестольным крестом в руке - вкладом матери царя Михаила великой инокини Марфы. При митрополите стоял придворный протодиакон с кадилом патриарха Филарета Никитича. Под сенью хоругвей оба иеромонаха держали в руках храмовой образ Знамения Богородицы, родовой бояр Романовых, царское моленье Михаила Федоровича. В приготовленное место для закладки государем и августейшей фамилией были положены новые и древние монеты, поднесенные членами комиссии по постройке... Затем председатель ученой комиссии князь Михаил Андреевич Оболенский поднес его величеству вызолоченную медную доску с подобающей надписью. По вложении этой доски на свое место член комиссии, архитектор Федор Федорович Рихтер, подал государю, государыне и митрополиту Филарету кирпичи, серебряный молоток, лопатку и растворенную известь для закладки. После большой ектеньи митрополит произнес молитву. В заключение митрополит сказал подобающее слово и поднес в благословение государю св. икону Спасителя, а государыне - св. икону Знамения Божьей Матери. Затем их величества с временного балкона обозревали местность. С появлением государя на балконе все близкие и отдаленные зрители пришли в движение, вся окрестность монастыря огласилась торжественными восклицаниями, на которые государь отвечал радушным приветом.
Возобновление палат окончено к 22 августа 1859 года, и в тот же день назначено торжественное открытие и освящение их. В два часа пополудни прекрасного летнего дня звон колоколов и восторженное "ура" возвестили о прибытии государя в прежнее жилище своих предков. Освящение палат совершал митрополит Филарет. На другой день утром государь рассматривал не только покои возобновленных палат, но и заключающиеся в них достопамятности. И в последующие времена покои эти неоднократно посещали государь и другие высочайшие особы.
Возобновленные палаты Романовых представляют точный образец давнего боярского быта, и, обозревая их, можно составить полное понятие о тогдашнем образе жизни бояр, их домашнем быте и обиходе. Это едва ли не единственный такого рода памятник во всей России.
Своеобразное здание это построено в четыре яруса. На Варварскую улицу, как и прежде, оно выступает только одним ярусом, а остальные - во двор, как в старину всегда строились хоромы. В среднем жилье палат пристроено висячее крыльцо, или балкон-глядильня. Над ним герб Романовых: крылатый грифон, держащий в одной лапе меч, в Другой - щит. Палата состоит из четырех частей: подвальный ярус, или, как говорили в древности, погребье, с ледником и медушей; нижний ярус, или подклетье, с людской, кладовой и приспешней, или поварней; средний ярус, или жилье, с сенями, девичьей, детской, крестовой, молельней и боярской комнатами; четвертый ярус - чердаки, или терем, с вышкой и светлицей.
Все эти покои соединяются однопольными дверями из дубового дерева и потаенными лестницами.
Из этого размещения видно, что в древности наши бояре, несмотря на свое богатство, довольствовались скромным жилищем и в тесном кругу своего семейства находили покой и удовольствие.
Самый любопытный ярус - средний. В нем пять покоев. Крестовая палата имелась в каждом боярском доме. Крестовой она называлась потому, что в ней правились священниками "кресты" на первой и последней неделях Великого поста, даже иногда и весь Великий пост у особенно благочестивых людей: здесь служили утрени, часы и вечерни, здесь хозяин принимал священников с крестом о Рождестве, Святой неделе и в другие праздники, здесь, наконец, пели молебны и служили панихиды. На богомолье в крестовую собирались все домашние. В палате этой — свод стрельчатый с расписанными подлинными грамотами царя Михаила Федоровича. Окна с древней слюдяной оконницей. В переднем, или святом, углу стоит древний образ Спасителя, сидящего на престоле. Посреди палаты стол, покрытый богатой персидской тканью, при нем два кресла. Вдоль стены - деревянные лавки. У одной из стен горка, или постав, за стеклами с золотой и серебряной посудой, принадлежавшей боярам Романовым: тут стоят золотые и серебряные блюда, ковши, кубки, чарки для водки, братины, стопы, сулеи, достаканы и, наконец, серебряная с кровлей солоница патриарха Филарета Никитича Романова. Такая посуда переходила от отца к сыну и хранилась как святыня. На парадных обеденных столах она ставилась горкой и пирующие пивали из нее меды и вина - от того произошла и поговорка "Пир горой". В старину посуда кроме обыкновенного своего назначения имела еще значение государственное: орденов тогда не было, и цари наши жаловали подданных за заслуги и доблести, или, как называлось, за дородство, осадное сидение, за радение казне и за посольскую службу, серебряными и золотыми ковшами и кубами. На этих утварях надписывалось по царскому повелению: "Государская милость" (на имя того, кому она жаловалась) и вычеканивался российский герб.
Из этой горницы дверь в молельню, где, следуя заветному обычаю предков, бояре начинали и оканчивали свой день утренними и вечерними молитвами. Из молельной низенькая дверь ведет в боярскую комнату с четырьмя окнами. Здесь стоят дубовые кресла и столы, на одном из них серебряная печать бояр Романовых, три медные чернильницы, подсвечники, складной гребень из слоновой кости с двуглавым орлом и несколько старинных книг. На стояние - владетельная булава царя Михаила Федоровича с лазоревым камнем на верхушке, его посохи, сабля и щит из единороговой кожи, украшенный драгоценными каменьями. Тут же собрание разных боярских вещей: столовые часы, чарки, дорожные чернильницы. На стене висит кафтан из шелковой ткани, подле него старинные моржовые сапоги с острыми носками, высокие каблуки их подбиты железными гвоздями с остроконечными шляпками. В этой же палате живописная печь на ножках из изразцов. На карелях изображены разные фигуры. Так, на одном кареле представлены две птицы с надписью: "Верность нас соединяет", на другом - черепаха с изречением: "Свой дом лучше всех".
Детская и девичья состоят из двух маленьких покоев. В детской стоит колыбель, и хранятся свивальник, подушечки, куклы, убранные жемчугом и самоцветными каменьями, повязка и черевики мамушки. На одном столе поставлен древний медный кунган1 с надписью: "Кунган добра человека, из него на здравье пить". Подле детской девичья, где жили сенные девушки, а с ними и мамушка. Из девичьей потаенная лестница ведет в терем. Слово "терем" произошло от греческого слова, означающего верхний покой для женщин, которые в старину жили постоянно в заточении, точно в тюрьме, оттого и поговорка: "В клетках птицы, а в теремах девицы". Женский пол в то время содержался очень строго: жена была во всем подневольна своему мужу. С воцарением Петра отношения мужа и жены изменились.