Церковь под колокольней во имя св. мучеников Бориса и Глеба была сооружена в 1739 году, но впоследствии, в 1830 году, возобновлена на частные средства и переименована в честь Спаса Нерукотворного, с тем чтобы в летнее время совершаемы были в ней ранние заупокойные обедни. В эту церковь из настоятельских келий ведет крытая галерея. Каменная колокольня имеет высоту 20 саженей, и в ней девять колоколов, из которых четыре отлиты в XVII столетии.
Соборная церковь - двухъярусная, весьма величественной, изящной архитектуры. На квадрате нижнего храма возведен восьмиугольник верхнего с куполом, трибуном и восьмигранной на шейке главой, прежде вызолоченной, а потом покрытой белым железом. Внешность здания пестреет разнообразными орнаментами из белого камня и кирпича: карнизами, колонками, щитами, сухариками, сережками и т.п. На верхний ярус ведет ходовая паперть со ступенчатой лестницей извне; над ней железная кровля на каменных столпах. На восток - полукруглые алтари, на запад - трапеза.
Судя по материалу, кладке и стилю, нижняя церковь древнее верхней. Она сооружена в 1624 году. Здесь находится главный престол в честь Казанской Божьей Матери и надгробный камень на могиле Федора, отца святителя Алексия. Гроб находится у южной стены церкви, и на нем начертано: "Поставлен сей камень по благословению преосвященного Платона, митрополита Московского и Коломенского, потомком сего боярина, статским советником и кавалером Никонором Богдановичем Плещеевым в 1805 г." Ранее здесь не было надгробной надписи, и в монастырских записках о месте погребения черниговского боярина Федора Бяконта не упоминается.
Верхняя церковь в три света, высотой соразмерна своей ширине. От помоста до купола в ней 21 сажень, а от поверхности земли до оконечности главы с крестом 30 саженей. О времени ее сооружения свидетельствует начертанная на фризе карниза алтарного иконостаса надпись: "В лето 7201 (1693) года создася храм сей во имя Богоявления Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, при державе Великих Государей и Великих князей Иоанна Алексеевича всея великия и малыя и белыя России Самодержцев, благословением великаго Господина святейшего Кир Адриана, Архиепископа Московскаго и вся России и всех северных стран Патриарха, создася сей храм в четыре лета и освятися им великим Господином Святейшим Адрианом Патриархом в месяце Януарие в 20 день".
В нижней церкви с северной стороны сооружен в 1747 году придел во имя св. великомученика Георгия, а с южной стороны, рядом с алтарем церкви Казанской Божьей Матери, был придел во имя св. апостола Иакова Алфеова, построенный в 1754 году, но он упразднен и обращен в ризницу. Перед входом в главный храм с западной стороны к притвору пристроена еще обширная ризница со шпилевым верхом, увенчанным крестом.
...Под соборным храмом монастыря кроме боярина Федора Бяконта погребено немало знатных особ. Здесь погребены Голицыны, Долгорукие, Салтыковы, Плещеевы, Юсуповы, Скавронские, Шереметевы и многие другие. На их камнях начертаны похвальные и смиренные надписи, из которых некоторые переданы стихами во вкусе начала XVIII столетия. Начальство в Богоявленском монастыре издревле было игуменское, а потом архимандричье, которое положено и по духовным штатам. Исстари помощником настоятелю был келарь. Монастырь состоит во втором классе, и в нем по штатам и указному положению число братии с настоятелем составляет семнадцать человек.
Николаевский монастырь, греческий. Время основания этого монастыря достоверно неизвестно, но, по некоторым данным, можно полагать, что он основан не ранее и не позже XIV века. Исторически он известен с 1556 года, т.е. со времен Ивана Грозного, под названием Николы Старого и Большой главы, что у Крестного целованья, а место, на котором существует монастырь, называлось в древности Никольским крестцом. Наименование же "у Крестного иелованья" монастырь носил потому, что в его церкви были приводимы к присяге подсудимые в каких-либо сомнительных случаях, как это стало делаться потом в Казанском соборе.
Царь Иван Васильевич Грозный по просьбе приезжавших из Палестины в Россию афонских монахов тамошнего Хиландарского монастыря пожаловал им в 1556 году эту Николаевскую обитель с церковью и строениями в подворье для временного пребывания, на что и дана грамота в том же году 7 марта.
19 мая 1564 года в монастыре сгорели две деревянные церкви и восемь келий, которые вскоре были возобновлены иждивением монастыря. В 1603 году царь Борис Федорович Годунов пожаловал монастырю в вечный поминок богатый двор со всеми потребными хоромами, находившийся близ Богоявленского монастыря. Прежняя жалованная грамота на владение Николаевской обителью с церковью и строениями была подтверждена царями Федором Ивановичем и Михаилом Федоровичем; а царь Алексей Михайлович в 1653 году дозволил отправлять в церкви и божественную литургию на греческом языке. Подворье это называлось тогда Афонским.
Вскоре после того, а именно в 1666 году, иверский архимандрит Пахомий привез в Москву с Афонской горы точную копию с чудотворной иконы Иверской Пресвятой Богородицы, которая принята царем и народом с подобающей честью, поставлена в часовне Афонского подворья (там же находится чудотворная икона Святителя Николая) и пробыла там три года.
В день перенесения (19 мая 1669 г.) иконы к Воскресенским воротам царь Алексей Михайлович пожаловал греческому архимандриту Дионисию грамоту на всегдашнее владение московским Николаевским монастырем, и с того времени обитель эта получила надлежащее устройство. В 1764 году возведена она во 2-й класс, а с 1766 года подчинена непосредственно Святейшему Синоду на праве ставропигиальных монастырей. Видевший эту обитель в XVII веке путешественник Рейтенсфельс рассказывает, что она "малым чем уступала греческому кварталу в Риме".
В монастыре две церкви: соборная, двухэтажная, в которой престолы: вверху - Успения Богородицы, а внизу - Николая Чудотворца, и Константина и Елены, находящаяся над часовней.
Собор построен на месте сломанной ветхой церкви в последние годы царствования Петра Великого жившими в Москве греками. Сперва он был одноэтажный во имя Николая Чудотворца. В 1735 году молдавский господарь Дмитрий Константинович Кантемир соорудил верхний храм, который и освящен 18 сентября 1736 года епископом Коломенским Вениамином.
Церковь Константина и Елены над часовней построена в 1767 году сыном Кантемира Матвеем Дмитриевичем и освящена 21 мая 1770 года архиепископом московским Амвросием.
Прочие строения монастыря существуют с первой половины XVIII столетия: они построены частью князем Кантемиром, а частью сербским купцом Саввой Гауром.
На лицевой стороне, по Никольской улице, среди монастырского владения находятся святые ворота, ведущие по обширной каменной лестнице во второй этаж собора, построенного среди монастырского двора. Часовня, где пребывает чудотворная икона Святителя Николая, находится налево от ворот в нижнем этаже двухэтажного дома, и над ней надстроен один ярус колокольни.
Кроме храмосоздателей Кантемиров в монастыре погребены грузинская царица Екатерина Леонович, граф Владиславич, князь Волконский и грузинские князья Давыдовы.
Монастырь управляется архимандритом, назначаемым греческим патриархом.