Преобразованиям подвергались и старые части ансамбля. Так, в регулярном парке произвели липовую обсадку аллей, а деревянный павильон напротив церкви заменили каменным. Оригинальный по форме и решенный в модных тогда традициях "китайщины", он получил название "Чайного домика". При небольших габаритах он имел сложный план и причудливый объем. Четыре круглые башенки на углах, декорированные рустом, были увенчаны островерхими крышами фигурного очертания. Интерьер "Чайного домика" отличался изысканной отделкой. К сожалению, в дальнейшем здание было частично перестроено - одето в "классицистический футляр". К тому же времени относились и каменные ворота Знаменской церкви, поставленные к западу от входа в храм. Они походили на уменьшенное и упрощенное повторение старинных "пилонных ворот" и играли важную роль в структуре нового ансамбля, связывая между собою его разновременные элементы. Жаль, что этот изящный и ценный памятник утрачен (разобран в 1920-е гг.).
Одновременно со строительством дворца заново формировался ансамбль парадного двора. Все бывшие на нем старые служебные деревянные постройки разбираются. На открытом пространстве между северным фасадом дворца и старинными "пилонными" воротами устраивается обширный партер овальной формы, который, миновав парадные ворота, огибала главная подъездная дорога. На правой (западной) стороне парадного двора - у границы с фруктовым садом - одновременно со строительством дворца был поставлен каменный флигель. Здание имело глубокие подвалы, толстые стены и своды во всех помещениях. Первоначально оно было одноэтажным и служило кухней при дворце, но в дальнейшем было перестроено. Меншиковы называли его "Молочным домом", а теперь за ним закрепилось название "Гостевого флигеля". Позади флигеля в саду вдоль ограды тянулось предлинное здание каменной оранжереи.
Все служебные постройки - неотъемлемая принадлежность любой большой усадьбы - были выстроены С.А. Меншиковым заново. Они составили отдельный замкнутый комплекс капитальных каменных сооружений, расположившийся напротив парадного двора усадьбы, но уже по другую сторону от старой подъездной дороги. Комплекс объединял в себе помещения конюшен, каретных сараев, коровника, скотного и птичьего дворов, людских и прочего и назывался "Экономией". В поздней литературе и документах его чаще обобщенно именуют Конным двором. Главный господский дом-дворец, стоящий на кромке берега реки и обращенный к пейзажному парку, парадный двор перед ним и комплекс Конного двора, последовательно прилегая один к другому, располагались на одной планировочной оси. За пределами Конного двора на продолжении той же оси была устроена километровая березовая аллея, устремленная на северо-запад - к Москве. Этот новый парадный подъезд к Черемушкам, организованный Меншиковым лишь в конце XVIII в., называли "прешпектом". Въезд в усадьбу от Москвы по новому "прешпекту" создавал весьма эффектные художественные впечатления. В самом конце березовой аллеи неожиданно открывался вид на Конный двор, напоминающий (дань романтизму, совпавшему со вкусами эпохи русско-турецких войн) средневековое крепостное сооружение. Этот комплекс первоначально был решен в виде полукаре, открытого в сторону дворца и состоявшего из двух Г-образных приземистых корпусов. Почти глухие стены и скругленные углы под шатровыми кровлями придавали зданиям характер оборонительного сооружения. Проезд между корпусами на главной оси ансамбля был фланкирован выразительной парой высоких и круглых в плане башен, увенчанных островерхими кровлями сложного силуэта - в традициях популярной в конце XVIII в. "китайщины".
Эффект композиции Конного двора был рассчитан, главным образом, на восприятие с северо-западной стороны - при подъезде от Москвы. Юго-восточная половина Конного двора, обращенная к парадному двору усадьбы, обстраивалась позднее и в несколько этапов. Так, приблизительно на рубеже XVIII-XIX вв., на выезде с территории Конного двора были построены двухэтажные корпуса-пропилеи, положившие начало превращению полукаре в замкнутое с четырех сторон каре. Архитектурное решение новых корпусов Конного двора было и оригинальным и ответственным с позиции создания ансамбля усадьбы: симметричный разворот крыльев обоих зданий вдоль старой дороги и классицистические портики на их скругленных углах позволили связать (композиционно и стилистически) ансамбль Конного двора с архитектурным обликом дворца и флигеля на парадном дворе; в то же время островерхие башенки над скругленными углами зданий соотносились с парой въездных башен и усиливали первоначальный эффект крепостного сооружения.
Итак, создание пейзажного парка и преобразование регулярного, строительство дворца и флигеля, Конного двора и "Чайного домика" - все это происходило в Черемушках при Сергее Александровиче Меншикове с 1780 до начала 1810-х гг. Немалый вклад внесла в процветание усадьбы и ее хозяйка - Екатерина Николаевна Меншикова, увлекавшаяся ботаникой и страстно любившая цветы. При ней в Черемушках было основано грандиозное оранжерейное хозяйство: в кадках и горшках, в теплицах и открытом грунте выращивались диковинные сорта фруктов и разнообразные экзотические растения.
О судьбе Черемушек в 1812 г. нам ничего не известно. Но эпоха ампира оставила довольно яркий след в архитектурном облике усадьбы. К этому времени относится перестройка кухонного флигеля (с надстройкой второго этажа и новой композицией фасада), а также строительство симметричных угловых павильонов с южной стороны Конного двора. Вид этих павильонов оригинален: они похожи на двухэтажные беседки с открытым низом и глухим верхом, поддерживаемым угловыми столбиками и колонками нижнего этажа. Кто-то ошибочно назвал их "птичниками". На самом деле их назначение было весьма прозаичным: под сенью верхнего этажа в юго-западном павильоне располагался колодец с водой, а юго-восточный таким же образом "декорировал" помойную яму. Нельзя не обратить внимание на композицию фасадов второго этажа этих павильонов: в широкие прямоугольные ниши вписаны трехчастные полукруглые окна со стилизованной балюстрадой из фигурных балясин, проходящей по низу. Тот же мотив встречается в Черемушках на фасаде кухонного флигеля ("Молочного дома"), но еще более он известен по целому ряду "послепожарных" построек московского архитектора Д. Жилярди (Конный двор в Кузьминках, усадьба Голицыных на Земляном валу12 и др.). Возможность работы Жилярди в Черемушках допускалась исследователями и раньше. С ним связывали отделку интерьера главной Белой залы дворца, украшенной в первой четверти XIX в. характерными ампирными нишами с двухколонными портиками и лепными фризами с мотивами дорики и грифонов13. Отделка этой залы сохранилась и сейчас почти в своем первоначальном блеске.
Смена владельцев в Черемушках после смерти С.А. и Е.Н. Меншиковых и раздела наследства между их сыновьями Александром и Николаем была вполне преемственной, но юридически она была оформлена лишь в 1833 г. Старший из братьев Александр Сергеевич Меншиков (1787 - 1869) был крупным чиновником морского ведомства при двух императорах - Николае 1 и Александре II, чему не помешала даже явная его вина в провале Крымской кампании 1853 - 1855 гг. Он был адмиралом и начальником Главного морского штаба. Постоянно жил в Петербурге и на Черемушки после смерти родителей не претендовал. Правда, не отказался получить при этом все наиболее ценное движимое имущество из усадьбы - фамильное серебро, драгоценности и многое другое по обширному списку14. Сама же усадьба - "подгородняя дача, именуемая с. Знаменское, Черемушки тож, с землями, лесами, каменными и деревянными строениями, с мебелью, плодовитым садом и оранжерейными плодовитыми и фруктовыми деревьями, с посудою, всякого звания земледельческими орудиями и машинами, с пожарным, кузнечным и столярным инструментом и с конскою упряжью..." - досталась младшему из сыновей, Николаю Сергеевичу Меншикову15.