При нем в 1869 г. к главному зданию усадьбы была сделана с юга пристройка, а в 1871 г. построены здания по красной линии переулка. В этом доме жила знаменитая артистическая семья Михаила и Ольги Садовских. Их внук писал, что после пожара деревянного особнячка в Мамоновском переулке, где они жили, "не успели дотлеть головешки на пепелище", как всю семью - бабушку, дедушку и семь человек детей - увез Губонин в свой дом в Климентовском переулке.
Интересные памятники московского ампира находятся в другой части Климентовского переулка - за Пятницкой улицей. Это служебные постройки большой купеческой усадьбы, выходившей на Большую Ордынку (№ 14), и дома небогатых купцов и чиновников послепожарного времени, когда застройщиками предлагались стандартные фасады из одобренных, "апробированных" альбомов. Однако самый известный архитектурный памятник этого переулка, по нему названный, - церковь Климента, папы Римского.
Его можно назвать самым загадочным и самым впечатляющим архитектурным памятником Замоскворечья. Поставленная с небольшим отступом от Пятницкой улицы, в глубине переулка, церковь сразу же приковывает внимание своим величественным пропорциональным пятиглавием - только оно и выдает культовый характер здания. Здесь нет даже обязательных алтарных апсид. Второй этаж трактован как парадный дворцовый, богато украшенный пучками колонн, наличниками и картушами с лепными волютами. Позади этой великолепной церкви-дворца прячутся странным образом не сочетающиеся с нею низенькая скромная трапезная и колокольня. Прекрасно светлое внутреннее пространство церкви с великолепным барочным иконостасом и хорами второго яруса. В 1932 г. снесли одно из самых замечательных сооружений, небольшой изящный павильон, стоявший перед церковью почти по линии Пятницкой улицы в ее ограде,
Церковь Климента - замечательное произведение талантливого архитектора, имя которого до сих пор остается неизвестным, а само время появления этого памятника развитого барокко, его принятая датировка находятся в явном противоречии с тогдашней классицистической стилистикой московской архитектуры. Более того, как отмечал академик И. Э. Грабарь, "по своему облику он выпадает из круга московских памятников данного периода, будучи наделен скорее чертами петербургской архитектуры, но архитектуры высокого стиля, притом не имеющей прямой аналогии с творчеством ведущих мастеров Петербурга".
История строительства церкви Климента отнюдь не способствует прояснению этих вопросов. Версия, впервые предложенная газетой "Московские ведомости" в декабре 1862 г., о том, что она была выстроена на деньги канцлера А. П. Бестужева-Рюмина, якобы имевшего свои палаты в ее приходе, не подтверждается документами. Впервые церковь упомянута в начале XVII в., когда после отражения польско-литовской интервенции она была выстроена сначала в дереве, а в 1662 г. думный дьяк А. С. Дуров выстроил каменную церковь со Знаменским престолом. Об этой постройке рассказывают примерно ту же легенду, подобные которой связаны по крайней мере с двумя другими московскими церквами - Неопалимой Купины в Новоконюшенной и Благовещения в Кремле. Дуров был оклеветан и ждал уже скорого суда, но после долгих молитв Богоматерь помогла ему и вразумила власти предержащие поступить справедливо, в благодарность же Дуров выстроил церковь. В 1720 г. купец И. Комленихин ее расширил и перестроил. Очевидно, это он был упомянут в церковной исповедной ведомости в 1740 г. - "первой гильдии купец Иван Федоров сын Комлехин 52 лет".
В более позднее время - в середине 1740-х гг. - другим богатым членом церковного прихода становится К. М. Матвеев, фабрикант и купец 1-й гильдии. Среди мелких чиновников, мастеровых, крестьян он был единственным видным прихожанином, который мог перестроить церковь Климента. В 1756 - 1758 гг. на средства богатого купца строятся колокольня и трапезная, а 24 июля 1762 г. ему выдается так называемая "храмозданная грамота" на строительство главного здания собственно церкви, законченное в 1769 г. (по другим сведениям - в 1774 г.). В следующем году тем же "коштом Космы Матвеева" для нее отливается большой колокол.
Исследователь архитектуры русского барокко Т. П. Федотова выдвинула предположение, что проект церкви Климента был сделан в 1750-х гг. петербургским архитектором П. Трезини или кем-нибудь из его помощников, но не выполнен тогда в натуре. Строительство церкви по тому, несколько измененному проекту было осуществлено значительно позже московскими архитекторами под руководством, возможно, И. Я. Яковлева.
В окрестности церкви Климента в XVII в. произошло событие, решительным образом повлиявшее на историю Москвы и всего Московского государства. Здесь 24 августа 1612 г. русское ополчение Минина и Пожарского штурмом захватило острог-крепость, где засели войска польско-литовских интервентов. Это был поворотный момент борьбы ополчения с интервенцией. После поражения у Климентовского острожка войска Хоткевича отступили к церкви Екатерины на Большой Ордынке, где у них стоял обоз с продовольствием и оружием для осажденных в Кремле интервентов.
Особенно богат достопримечательностями в Замоскворечье небольшой, всего в 218м, Черниговский переулок. В самом начале его на углу с Пятницкой поднимается изящная колокольня, вынесенная на красную линию улицы. Она принадлежит церкви Иоанна Предтечи, здание которой находится в глубине переулка, с правой стороны его (№ 4). Возможно, что здесь, на дороге с юго-востока к Московскому Кремлю был небольшой монастырь, который упоминается под 1415 г. в летописном рассказе о рождении великого князя Василия II. Тогда, не надеясь на повивальных бабок, послали за известным старцем: "бе же в то время некий старец свят в монастыри святаго Иоанна Предтечи под бором, за рекою Москвою, знаем же бе и великым князем, к нему же и посла..." Вероятно, этот монастырь позднее был перенесен на Ивановскую горку (ул. Забелина), а его первая церковь стала обычной приходской здесь. Ее одну из первых перестроил в камне знаменитый итальянский зодчий Алевиз в 1514 г. От алевизовской постройки, однако, почти ничего не осталось, за исключением белокаменного подклета. Над ним во второй половине XVII в. (в 1658 г.?) выстроен существующий храм, а в середине следующего столетия тщанием одного из прихожан - купца Федора Замятнина - построили трапезную и колокольню (строительство последней затянулось до 80-х гг. XVIII в.). Важно отметить, что колокольня Предтеченской церкви была намеренно поставлена довольно далеко от собственно церкви, ее выдвинули на линию Пятницкой улицы, отмечая таким образом важную градостроительную роль вертикали в панораме всей улицы.
Напротив еще один архитектурный памятник - церковь, основанная в бывшем монастыре на месте встречи 14 января 1578 г. мощей черниговского князя Михаила и его ближнего боярина Федора, убитых в ставке Батыя в 1246 г. и позднее причисленных к лику святых. Существующее здание выстроила своим тщанием купеческая вдова Иулиания Малютина в 1675 г. Обе церкви и прилегающие к ним постройки тщательно отреставрированы в 1984 г. и составляют редкий по своей живописности ансамбль, который приобретает еще большую выразительность при сопоставлении его с высоким доходным домом (№ 4, 1913 г., архитектор К. А. Дулин), на заднем плане в изломе переулка. С ним соседствует здание, надстроенное в 1904 г. (№ 6), - его нижние два этажа относятся, возможно, к началу XIX в., остатки декора того времени видны на дворовом фасаде.